Działalność naukowo-badawcza pracowników Zespołu Ekologii i Ochrony Przyrody koncentruje się na badaniach z zakresu:
- Metod ochrony szaty roślinnej na różnych poziomach jej organizacji
- Wykorzystania roślin naczyniowych, mszaków i porostów w ocenie stanu biotopów naturalnych i antropogenicznie zmienionych
- Ocenie stanu zachowania i ochrony różnorodności szaty roślinnej
- Waloryzacji przyrodniczej terenów na podstawach geobotanicznych
- Taksonomii i geografii mszaków
- Ekologii lasu
- Biologii i ekologii inwazyjnych gatunków roślin naczyniowych i mszaków
- Metod ochrony wód i siedlisk nadrzecznych zgodnych z unijną Ramową Dyrektywą Wodną